Nakon nekoliko nedjelja žalosti, naredio je izgradnju malog mauzoleja u unutrašnjem dvorištu džamije Sulejmanije, gdje je kasnije prenijeto tijelo njegove voljene. Time je žalost završena, a ovaj snažni apsolutni monarh ponovo se posvetio državnim poslovima.

Priče o tome da je sultan poslije Hurem raspustio harem i prestao da održava odnose sa ženama nisu istinite. Naprotiv, provodio je slobodno vrijeme sa mnogim odalisama, ali u zapisima palate Topkapi sačuvano je ime samo jedne od njih. Gulfen-hatun bila je uz njega još dok je mladi Sulejman kao šehzade vladao Manisom. Nikada nije pretendovala na svu njegovu pažnju i dobro se slagala sa svojom crvenokosom suparnicom.

Međutim, nakon smrti Hurem, Gulfen je dobila veću moć. Poznato je da je prodavala noći sa sultanom drugim odalisama, zbog čega je on u bijesu naredio da je zadave. Od tog trenutka, glavna žena u haremu i u Sulejmanovom životu postala je njegova kćerka, Mihrimah-sultan. Sa njom se savjetovao o mnogim pitanjima, a na njenu inicijativu krenuo je u svoj posljednji pohod, o čemu ćemo kasnije govoriti.

Uprkos poznim godinama, sultan je čvrsto vladao carstvom. Organizovana je pomorska ekspedicija na Tripoli, gdje su Osmanlije pobijedile evropske snage u bici kod ostrva Džerba — potopljeno je oko 30 španskih, đenovljanskih i mletačkih galija, pojačanih flotom Malteškog reda. Zarobljeno je 5 hiljada hrišćanskih vojnika.

Ubrzo je sultan morao da riješi još jedan dinastički problem: pobunio se njegov mlađi (preživjeli) sin Bajazid. Otac je u početku pokušavao da postigne mir, nagovarajući šehzadea na pomirenje. Obećao je da neće favorizovati nijednog nasljednika kako bi sudbinu države riješili na tradicionalan način nakon njegove smrti.

Međutim, Bajazid je slao pisma s molbom za oproštaj, dok je istovremeno okupljao vojsku. Sultan je tada morao da donese odluku, a izbor je pao na šehzadea Selima, koji se pokazao kao poslušan sin. Mihrimah je molila oca da poštedi brata, i Sulejman je bio sklon da posluša njeno mišljenje. Ipak, Bajazid je pobjegao u Persiju, čime je praktično potpisao svoju smrtnu presudu. Nakon određene diplomatske prepiske, Safavidi su pristali da ga se riješe.

Nedugo zatim, sultan je imao problema s izborom velikog vezira, jer je preminuo njegov zet, Rustem-paša — isti onaj koji je odigrao ključnu ulogu u pogubljenju šehzadea Mustafe.

Njegov nasljednik, Semiz Ali-paša, bio je sposoban administrator, ali je umro 1565. godine. Tada je izbor pao na Mehmed-pašu Sokolovića, koji će se pokazati kao jedan od najučinkovitijih državnika u istoriji Osmanskog carstva. Sokolović će zadržati svoju funkciju i za vrijeme sultana Selima.

Diplomatskim putem riješen je sukob s Habsburzima. Godine 1564. preminuo je vladar Svetog rimskog carstva Ferdinand I, a njegov nasljednik pristao je da plati sve dugove za onaj dio Ugarske koji su hrišćani držali uz saglasnost turskog sultana. U Istanbul je poslat izaslanik s kovčegom zlata, ali ubrzo su isplate prestale.

Tada je, u maju 1566. godine, sultan Sulejman u 72. godini krenuo u svoj posljednji vojni pohod, trinaesti po redu. Posjetio je grobnice svojih predaka, kao i grob Abu Ajuba el-Ensarija — saputnika proroka Muhameda, koji je s njim učestvovao u svim bitkama i bio dio arapske opsade Carigrada, sahranjenog kraj njegovih zidina.

Plan kampanje bio je da se poraze austrijske snage u Ugarskoj i zauzme što više tvrđava. Opsada dobro utvrđenog grada Sigetvara se odužila, a Sulejman je rekao svojim saradnicima: "Ova tvrđava mi je spržila srce, molim Alaha da izgori do temelja."

Vladar je tada već bio veoma bolestan, zbog čega je veliki vezir Mehmed-paša Sokolović, kako bi ispunio njegovu naredbu, danonoćno boravio sa vojnicima u rovovima. Konačno, probijen je zid, a branioci su, shvativši da je dalja odbrana nemoguća, uzmakli u unutrašnju citadelu.

U tom trenutku, najveći od sultana, koji je najduže sjedio na osmanskom prijestolu, preminuo je. Njegova smrt držana je u tajnosti kako bi se izbjegao pad morala u vojsci. Umjesto toga, naređen je novi odlučujući napad, i istog dana Sigetvar je osvojen. Vijest o Sulejmanovoj smrti vojnicima je saopštena tek 48 dana kasnije, kada je osmanska vojska napustila grad.

Nakon pada Sigetvara, austrijske trupe uspjele su da se uzdignu iz pepela i potuku Osmanlije, čime je širenje Turaka ka Evropi zauvijek zaustavljeno.