Ubijen je u Kamenici kod Zvornika, od strane Elfete Veseli, pripadnice tzv. Armije BiH, nakon što je izbjegao sa roditeljima, i vratio se u svoje selo Kamenicu po psa.

Tijelo je pronađeno u Novom Selu kod Zvornika i identifikovano DNK analizom, nakon čega je sahranjen u Drinjači. Veseli je osuđena na 13 godina zatvora pravosnažnom presudom iz 2019. godine. Srpska pravoslavna crkva proglasila je Slobodana Stojanovića svetim novomučenikom.