Sklanjajući se od progona, Avtonom je otišao u Vitiniju Azijsku, u mjesto zvano Soreos. Prema predanju, tu je nastavio sa hrišćanskim učenjem i sagradio crkvu posvećenu Svetom Arhangelu Mihailu. Kada je saznao da se u blizini nalazi mjesto Limna, u kome su živjeli samo neznabošci, otišao je tamo i hrabro počeo da propovijeda o ljubavi Hristovoj, preobrativši mnoge u pravoslavnu vjeru.

Mučenička smrt na oltaru i pronalaženje netaknutih moštiju

Šireći hrišćansko učenje, Sveti Avtonom je stekao i mnogo neprijatelja. Zabilježeno je da je grupa neznabožaca jednog dana upala u crkvu Svetog Arhangela Mihaila tokom liturgije koju je Avtonom vršio, te su ga ubili na samom oltaru zajedno sa svim vjernicima koji su se tu zatekli.

Kada je na vlast došao car Konstantin, na svetiteljevom grobu podignut je hram. Legenda kaže da se tačno dva vijeka nakon smrti Sveti Avtonom javio u snu jednom vojniku i naredio mu da iskopa njegove mošti.

Vojnik je poslušao svetiteljev glas i pronašao tijelo koje je ostalo potpuno netaknuto. U danima koji su uslijedili, mnogi bolesnici i nevoljnici ozdravili su nakon što su dotakli mošti Svetog Avtonoma.

Običaji i molitva koja donosi napredak domu

Prema narodnim običajima i vjerovanjima, na današnji dan obavezno treba izgovoriti molitvu posvećenu Svetom sveštenomučeniku Avtonomu, za koju se vjeruje da donosi zdravlje, mir i napredak svakoj porodici:

"Bio si nasljednik Apostola prestolom i zajedničar duhom, bogonadahnuto djelo si našao u viđenju duhovnog uzrastanja: Zbog toga si uzdizao riječ istine i radi vjere si do krvi postradao, sveštenomučeniče Avtonome: Moli Hrista Boga da spase duše naše."

Smatra se da ovaj običaj ne valja prekršiti, kako bi svetac zaštitio dom od svake nesreće i bolesti.